Non ci metterei la mano sul fuoco e chiedo conferma a qualcuno che lo sa: autorun blocca i processi in modo permanente.
Nel senso che se li setti e successivamente disinstalli l'app "autorun" le modifiche rimangono tali. Quindi probabilmente agisce rinominando l'applicazione da bloccare: in altre parole direi SI, ti porteresti appresso tali modifiche.