Ma cambiando ROM sei sicuro che il problema sparisce?
Non è un qualche programma che per "risparmio energetico" (se può rientrare in questa opzione) disabilita la SDCard....?
Perchè non provi a fare un wipe di tutto, ma cancellando tutto (anche /system e memoria interna) e provare da telefono vergine, senza installare nessuna applicazione a verificare se la SD funziona....?