1) Si, e vanno copiate in system/app
2) Si, ma l'applicazione è già installata nella ROM, perché l'hai scaricata nuovamente?
3) Ripristinando la sveglia, ripristinerai anche l'applicazione orologio della Samsung, quindi avresti due orologi. Se preferisci quello di default, scarica ClockPackage ed elimina DeskClock magari utilizzando Titanium Backup (quando ti chiederà se sei sicuro essendo un'applicazione di sistema, rispondi si).
4) Forse hai visto male, ci sono solo SMemo ed SMemoProvider http://quick-markup.com/p/52d6b25d6def1