La cosa era stata già chiarita ieri se non ricordo male...
avevo detto di fare un wipe cache (come del resto faccio io quotidianamente senza riscontrare alcun problema).
Quando aggiorno, per avere una base pulita, faccio "wipe cache partition" e "wipe dalvik cache".
Non perdo alcun dato, alcuna applicazione... e non ho alcun problema!