Se un domani il tuo cellulare darà i numeri, potrai "reinstallare il sistema operativo" (risflashare la rom), puoi farlo grazie ai privilegi di root. Puoi anche fare un backup del sistema attuale, con tutte le modifiche ad esso da te apportate, grazie ai privilegi di root.
E' improbabile che il telefono funzioni seriamente male se non per qualcosa di sbagliato fatto dall'utente.
Oppure puoi semplicemente perdere le applicazioni sulla sd e reinstallarle in seguito, la scelta è tua.