Purtroppo però per ricalibrare occorre il root e/o una recovery modificata.
Di solito è necessario dopo il flash di un nuovo firmware... [tutto materia di modding ]
ma immagino non sia il tuo caso.
Di sicuro la carica durante la notte non è costante, ma a fasi periodiche... E' possibile che capiti in una fase di batteria calda, in cui ai sensori che staccano il flusso di carica appare più carica di quanto non sia.
Prova a cambiare il cavo micro-usb... magari