Eh si, infatti quello che avevo in mente è come dici tu. Provo il root e sostituzione dell'app orologio. Se non si risolve torno alla 5.1, che era praticamente perfetta, finchè non rilasceranno, se mai lo faranno, una rom android 6 decente.
Edit: messa cwm, rootato e sostituita l'app orologio con quella Google. Con l'occasione ho anche rimosso la loro tastiera aosp e resa di sistema quella Google. Hi rimosso anche font style e opera mobile store, oltre a rimuovere app Google che non uso (film, libri, edicola, ecc) ed integrare le app aggiornate nel sistema, per recuperare spazio.