confermo che anche secondo me avrai un serio problema. Link2SD è un'ottima applicazione ma per i backup crea sempre qualche problema (nulla di irrisolvibile ma backuppando il tutto, facendo quindi una foto del sistema, non sarà poi ripristinabile se non hai + la situazione di prima da un punto di vista di partizioni). Una soluzione la vedrei con un "backup selettivo", sono contrario di solito all'uso di nandroid backup (eccetto per il ripristino alla situazione di fabbrica).
Installi Titanium Backup (se "trovi" il Pro è meglio), effettui un backup di tutte le APP Utente (e solo quelle, senza i dati di sistema). Ti salvi i sms (con SMS Backup e Restore), la rubrica esportando i contatti in un file .vcf (procedura inutile imho perché dovresti salvare già dinamicamente i tuoi contatti sul tuo profilo gmail) e poi effettui tutte le prove della storia, compresa questa fantastica scoperta che risolve un bel po' di problemi! Al termine dell'operazione fai un bel restore reinstallando titanium e ripristinando le applicazioni. Dopodiché recuperi sms e contatti. Più facile a dirsi che a farsi!