Si, vai pure tranquillo: l'installer si accorgerà che sei su un disco "nuovo" e ti proporrà di fare ciò che va fatto.
Altra cosa positiva di questa operazione (intendo la cancellazione completa) è che se il disco presentasse dei settori danneggiati questi verranno automaticamente rimappati dal firmware interno del disco correggendo così il problema.
Visto che avevi notato lentezza (e magari instabilità) con windows questa situazione non è da escludere.
EDIT:
Per il problema del messaggio all'avvio riguardo al CMOS checksum, probabilmente devi sostituire la batteria dell'RTC della scheda madre: di solito servono le CR2032 ma conviene verificare aprendo il pc. Se hai lasciato il pc per molto tempo scollegato dalla presa elettrica oppure se il pc è molto vecchio, sicuramente il problema è quello.
Per il problema del freeze invece potrebbe essere un problema di stabilità di qualche driver oppure un problema hardware (a naso io farei un bel controllo approfondito dei moduli ram con i programmi specifici tipo memtest).