Prova a formattare... so che è uno sbattimento ma puo valere la pena. Mi ricordo che si diceva che una partizione di 2 Gb dava problemi di rallentamenti e blocchi.....
Magari dopo ti cerco il post, tu prova a dare una letta alle FAQ, forse è detto anche lì.
Secondo edit: trovato, è detto anche nelle guida alla partizione della SD:
http://sourceforge.net/projects/runn...e.pdf/download