No, puoi stare tranquillo, il wipe system cancella i dati contenuti nella sola partizione system (in cui è contenuta la parte principale del SO).
ps: generalmente, nell'installazione di rom alternative, il wipe system viene effettuato in automatico, per lasciare posto al nuovo OS, bastano un wipe cache e data (sempre che lo sviluppatore della rom, non includa un comando anche per loro) manuali e un riavvio.
ps2: wipe o format system, essenzialmente sono la stessa cosa, ovvero una cancellazione di dati, la differenza è che il wipe si limita alla cancellazione dei soli dati mentre il format esegue una rapida riscrittura in EXT4 (nel nostro caso) della partizione specifica (cancella in un colpo solo tutti i dati, ricreando il filesystem di quella partizione).
Se hai altri dubbi chiedi pure (spero di aver reso più facile l'idea).