i "wipes" servono a pulire la cache e a "formattare" la parte di memoria dove verrà installato JB.
Per trovare la cartella EFS , dopo aver "rootato" il tablet devi avere un "esplora risorse" tipo "ROOT EXPLORER" (costa poco su google play).
Si è normale che il backup nandroid non salvi il contenuto della micro sd esterna. Io non ho nessuna app installata, ma solo musica, filmati , foto, ecc, e non viene toccata in fase di flashing con odin.
Ti ricordo che flashando JB con odin dovrai reinstallare la CWM e ri-applicare il root; inoltre se hai fatto un backup di ICS da CWM e volessi ritrovarlo ti consiglio di eseguirlo direttamente sulla micro sd esterna (assicurati di avere abbastanza spazio). Questo perchè una volta flashato JB potresti non ritrovarlo.