Non ti chiede se hai una rom custom, ma se hai o meno una insecure boot image necessaria per effettuare l'operazione; nel dubbio utilizza sempre l'opzione 1 che nel caso in cui la tua boot image sia settata su secure (molto probabile) ti chiederà di riavviare il telefono per modificarla temporaneamente. Copia il file della rom nella cartella "put_files_to_push_here" (presente nella cartella di installazione del toolkit) ed in automatico poi dovresti ritrovartelo nella schermata in cui ti chiede di digitare il nome; a questo punto basta che ricopi il nome del file uguale uguale (compresa l'estensione) e dai invio.
Per quanto riguarda il flash della stock basta utilizzare l'opzione 9 come hai detto tu. L'unica cosa è che non sono sicuro che la versione free del programma scarichi la factory image; nel caso in cui non lo facesse scaricala tu e copiala nella cartella "put_goolge_factory_imahe_here".
Link per la factory image: https://dl.google.com/dl/android/aos...y-345dc199.tgz
....N4.....paranoid....