Non è tanto il flashare il kernel stock quanto esser sicuri di rimuovere eventuali file aggiuntivi di un kernel da /system, se usi il kernel della rom ti basta aggiornare senza wipe, altrimenti se hai cambiato kernel e lo vuoi cambiare ancora, devi fare wipe system, cache e dalvik, flash rom, gapps, kernel.
@samulomba96 non confondiamo file system con la partizione /system!