Oltre a provare quello che ha detto Dezk prova ogni volta, prima di flashare, a fare un Wipe Cache e Dalvik Cache, e poi flasha il kernel o il Tema, usa la TWRP 2.6.3.3 o la 2.6.3.0 (quest'ultima non mi ha mai dato nessun tipo di problema)Riflasha la twrp e poi dai questo comando: fastboot erase cache
Ti consiglio caldamente di non dare mai permessi di ROOT ad app di cui non ti fidi, specialmente quelle di sistema perchè non credo che abbiano bisogno di una shell per funzionare, attento che alcuni virus si mascherano da app di sistema per chiederti il ROOT e fare il macello, fai un controllo con AVG se non ce l'hai (te lo dico perchè vedo che hai Lucky Patcher e di sicuro talvolta scarichi programmi da internet che possono essere infettati)
A proposito di Lucky, la versione PRO di SuperSu ce l'hai perchè l'hai comprata o hai usato qualche trucchetto? Se hai usato Lucky mi dici come hai fatto in PM? grazie