Beh guarda, non hai da temere che vengano persi dato che la partizione in cui dovrebbero essere situati è nella SD, quando fai Wipe da recovery non si cancella il contenuto della SD (a parte se fai un Format Data o Factory Reset), e in quel caso avresti il telefono vuoto, ma se flashi una normale rom la cartella non si cancella. Comunque per scrupolosità ti do anche questa guida, che ti insegna come usare i comandi adb (quello che serve a te è "adb pull"). Questi comandi, in questo caso, li dovrai dare in recovery (basta che hai il telefono acceso in modalità recovery e basta) dato che adb funziona anche in recovery