Anch'io non voglio rootarlo o cose simili, però non credo che una app di gestione file si possa risolvere (mettere un permesso). Mi sembra comunque molto strano che si sia tolto un permesso così dal nulla, anche perché comunque a volte funziona la localizzazione. Bo non so che pensare, non ne vengo fuori.
Io uso o HTC sync manager oppure Airdroid per copiare foto, video e musica. Poi foto e video li vedo direttamente nella Galleria, mentre la musica dall'app "musica".
Se vai in Impostazioni - Applicazioni - Tutte - vai su Meteo - nella schermata che si apre leggi in fondo in basso sotto la voce "autorizzazioni". In teoria ci dovrebbe essere l'autorizzazione a "individuare la mia posizione", come in genere fanno le app per il meteo, qui non c'è e non capiamo come mai e se questo possa essere la causa del nostro problema.
Non so che app è. A cosa serve?