Hai fatto bene a puntualizzare. A me è sfuggito.
Formattando system si cancella tutto è vero, e come hai detto è necessario avere nel dispositivo il file zip di una rom o un backup fatto da recovery e tutto quanto occorra flashare al primo avvio (tipo kernel o gapps), ma è un'operazione obbligatoria quando si passa da una rom all'altra.
L'intento della mia risposta era di spiegare quali erano le tipologie di wipes che si possono avviare da una recovery mod (non da quella stock ovviamente, che non consente il wipe system).