Di solito per fare installazioni pulite serve fare solo:
Dalvik / ART Cache
System
Data (senza media)
Cache
Se fai internal storage devi avere quello da flashare su sd esterna, altrimenti resti senza nulla.
Se fai gli wipe che ti ho riportato pulisci tutto (l'importante sono sicuramente system ,cache e data) ma tieni le foto e i file multimediali.