Ho appena provato con apktools 1.3.1 e in effetti in fase di ricompilazione non mi da li errori che mi dava la 1.31.
Ho decompilato e ricompilato framework e twframework senza toccare niente, gli ho messi nella ROM, ho fatto il flash da recovery ma continuo ad avere gli stessi problemi.
Visto che sei riuscito ad integrare il tema nella ROM, perchè non posti la procedura che hai seguito?