Le modifiche dovrebbero venire mantenute tutte ad ogni riavvio se ben ricordo...
Nella guida
che ieri ti avevo linkato trovi comunque ogni risposta. Riesce difficile per me dartene una precisa, ora, dato l'innumerevole quantitativo di Tweaks presenti nell'App di configurazione.
Resta anche vero che dovrei riprendere in mano il Buon GS2 che, per il momento almeno, ho riposto nel cassetto in sostituzione di un WP (in test, non personalizzabile come Android, ma davvero un altro Pianeta in fatto di Funzionalità, fluidità e Stabilità). :D
Il Fix permission non ha rilevanza assoluta. Usalo solo se hai dei problemi in genere con App. Lo puoi sempre eseguire in un secondo tempo e quando ti pare. Sempre da Recovery.
Il Messaggio da Recovery prima di riavviare... non so che significhi. Io ho sempre tappato su "NO". Non credo cambi nulla comunque.