Credo che sia un problema di driver e non di ROM..a me è già capitato che windows facesse casini con i driver..specie se colleghi più dispositivi
Ad esempio è successo dopo che ho collegato nexus 7 e nexus 4 oppure galaxy w e galaxy s3..
Altro non mi viene in mente..ovviamente è dato per scontato che hai attivato la modalità MTP ed anche il debug USB..