Sotto il profilo pratico nulla, l'updater utilizza la recovery stock. Ma la cosa più importante è che con la TWRP puoi creare il nandroid backup, cioè l'esatta fotocopia di ciò che hai sul cellulare in quel preciso istante, ciò significa che qualunque malaugurata cosa accada tu, entrando in TWRP torni con un restore alla situazione in cui avevi il cellulare al momento del backup. Oltre ad un sacco di altre cose utili. Ti consiglio di leggere una delle tante guide.
Credo assolutamente che esista per Linux essendo Linux la base del sistema Android