In teoria non sbagli nulla.
La recovery non inficia l'OTA è il root che può dare problemi in quanto il root varia i file system del firmware. la recovery è in una partizione a parte che non viene toccata dall'OTA. l'aggiornamento normalmente è di qualche decina di mega e va a variare soltanto alcuni file specifici del system.
Detto questo quello che mi viene in mente è che non abbia selezionato tutte le partizioni per il backup nella twrp. Al contrario della CWM devi selezionare tutto per fare un nandroid backup. Io per abitudine mi trovo meglio con la CWM che in automatico fa tutto il backup. Inoltre l'ultima TWRP è recentissima e può darsi che non abbia ( ma è un'ipotesi) sbloccato perfettamente il bootloader.
Conviene che tu reinstalli via flashtool il firmware precedente. Faccia l'aggiornamento OTA e dopo reinstalli recovery e root oppure che tu attenda che venga pubblicata l'ultima versione completa del firmware per flashtool (di solito pochissimo dopo che è stato pubblicato l'aggiornamento OTA).