Intendevo la micro SD esterna, se il problema lo hai sulla memoria del device puoi formattare da recovery e sperare che il problema si risolva perché non puoi cambiare la memoria interna se non sostituendo la mainboard.
Non penso sia un problema di solo questa ROM, whatsapp fa casino con i codec.
Prova a cercare con un file explorer le note nella cartella di whatsapp e vedi se riesci ad avviarlo con qualche lettore musicale.