Da quello che ho visto non credo, io avevo aggiornato a JB con flashtool e Companion e SUS non mi facevano tornare indietro ad ICS e mi installavano la stessa build di JB che avevo flashato, quindi ho dovuto "riflashare" ICS scaricato da qui, poi con Companion ho aggiornato alla build 55 di ICS.
Quindi, a meno che non ci sia un cambio di build di JB, non credo che Companion o SUS ti facciano aggiornare a JB avendo già JB installato.