Innanzitutto non ha particolari conseguenze, se non per qualche app che fa un controllo "approfondito" della presenza del root.
La differenza con SuperSU infatti è che con Magisk puoi nascondere il root alle singole app, ma qualcuna riesce a fare un controllo più approfondito accedendo a dei server particolari e bla bla bla. Una di queste e PokemonGO, potrebbe non funzionare anche se gli nascondi il root. Un'altra è AndroidPay se riesci a installarlo e usarlo :P
Detto ciò, personalmente avevo installato magisk v13 e la patch per safety net e funzionava, passando poi alla 14 ha continuato a funzionare. Avrò avuto cu ... fortuna
EDIT:
prima di tutto il controllo safety net dovrebbe avere due check, uno dei due dovrebbe almeno andare bene, il CTS invece potrebbe non funzionare.
in secondo luogo nella sezione download c'è un universal fix che potrebbe fare al caso tuo e che in effetti avevo installato
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