Il problema è semplicemente nella cache del telefono. Con OTA rimane la cache ( e tutto quello che si porta dietro ) . Con FT , non è detto che venga piallato tutto , basterebbe fare soltanto ( per un update e non upgrade di sistema ) un flash del system e della cache se il dispositivo non ha root. Per l'OTA basterebbe fare da recovery un wipe cache preventivo ( sempre se il dispositivo non ha root ) ma quì se la recovery è modificata bisognerebbe prima reinstallare la recovery stock da FT ( quando i file OTA vanno ad installarsi devono trovare la recovery stock perchè i file OTA vanno in recovery per l'installazione).
Insomma bisogna vedere come è l'aggiornamento ( se OTA o per FT ) e lo stato del telefono ( se root o no e se recovery stock o no ). Per ogni specifica situazione c'è un modo specifico diverso di procedere.
Il discorso cambia completamente se si deve fare un upgrade o un downgrade di sistema ( da LP a MM o il contrario ).