Non devi fare il wipe, comunque una volta avuti i permessi di root puoi fare un nandroid backup da app e ripristinarlo successivamente da recovery, quindi anche se per qualche motivo dovessi fare un wipe, un factory reset poi puoi reinstallare il nandroid backup. Se hai un po' di spazio su HD non è una cattiva idea farne uno ogni tanto e tenerlo da parte.
Poi ci sono anche tool che ti fanno ripristino di app e impostazioni a partire da un backup, tipo il famoso Titanium Backup (ma il ripristino di tutte le app in una volta sola richiede la versione a pagamento), comunque di soluzioni per ripristinare tutto facilmente e senza scaricare nulla ne hai diverse una volta ottenuti i permessi di root, hai modo di pararti le spalle.
Anche il nexus Toolkit ha una routine di backup e ripristino, ma funziona anche senza root (è per funzionamento simile a quello che via app fa Helium, quella che una volta si chiamava Carbon, altra app abbastanza famosa).
Setcpu non credo proprio che funzioni con kernel stock, non ho avuto modi di provare, ma non credo, comunque se vuoi farlo per abbassare i consumi energetici io eviterei, la gestione delle frequenze del Krait 400 è dinamica, al limite avrebbe senso fare qualche prova di leggeri undervolt e vedere fin dove rimane stabile, ma tutto sommato ci sono modi più efficienti per risparmiare batteria, tipo tenere il telefono in 2g quando non lo si usa o si è sotto copertura wifi, tanto per dirne uno che è molto efficace, alla portata di tutti e costa poca fatica.