Il fix permissions serve per il "fix" dei permessi, per lo zipaling ti copio il significato:
-ZIPALIGN: forma di compressione che serve per velocizzare l’esecuzione delle applicazioni. zipalign scompatta il file apk comprime e allinea il file a 4byte di limite cosi’ android occupa meno ram per leggerlo e lo legge piu’ velocemente e poi ricrea il file .apk ^^