Non ho ben capito quale sia il tuo obiettivo ma se vuoi mettere una stock leaked fai il flash dopo gli unici due wipe che hai a disposizione. Mettere una cwm per fare wipe dalvik e batt. stats per poi flashare una stock con conseguente ritorno ad una recovery stock non ha alcun senso... Pensa che io non ho mai fatto nemmeno wipe data e cache prima di un flash con Odin e non ho mai avuto problemi o ripercussioni di qualsiasi genere legati a questa procedura "sbrigativa".
Comunque vai tranquillo, fai i due wipe che puoi fare e flasha con Odin senza preoccuparti del bootloader che non morde.
EDIT: piuttosto io farei un backup della cartella efs prima di procedere...