Non so, non ho mai usato quell'app ma potrebbe funzionare. Con titanium andresti sul sicuro. ci sono guide chiarissime se è la paura di sbagliare che ti blocca e penso che anche la versione gratuita permetta di ripristinare app da nandroid.
E il backup non è strano, ricordo che il kernel siyah quando lo flashavo lo faceva. In questi caso non sono sicuro che sia stato il kernel, ma Slim essendo il developer potrà darti più chiarimenti e più esatti.