Ovviamente esistono ROM in formato per recovery ed altre in formato per fastboot, La questione era legata ad alcuni controlli che ultimamente vengono inseriti nelle ROM ufficiali per recovery, ad esempio io ho sul Redmi Note 3 Pro Kenzo una TWRP con cui non posso flashare le rom ufficiali (ho anche il bootloader sbloccato) non ricordo esattamente il motivo (se non ricordo male c'è una recovery TWRP modificata, mi sembra la coffee, con la quale è invece possibile installare anche le Rom ufficiali).
Evidentemente tale problema non esiste con la TWRP alka