Bravo il problema e la pigrizia.
se non si rasano a zero i files della vecchia ROM e non si installano le app da zero non si può parlare di problemi.
Si copiano i propri files sulla SD si format data poi si wippa system cache e cache dalvik.
Oppure meglio si installa una ROM pulita diciamo stock e poi ci si flasha sopra la custom come detto da @REEDHOOK.
Se si ripristinano le app con le relative impostazioni da bakup per pigrizia di reinstallarle c'è il rischio che il nuovo ecosistema sia diverso da quello precedente in cui erano installate e quindi la cosa non funzioni correttamente.
Per risolvere i problemi o fare prove bisogna partire da installazioni pulite di rom e poi installare le app in maniera standard cercando cosi di evitare effetti di disturbo.
Se si parte da una situazione standard e si hanno problemi siamo sicuri che c'è un difetto e bisogna intervenire.
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