Non c'è bisogno del root per cambiare stato al messaggio SMS né per cancellarlo. Vedi qui: https://www.youtube.com/watch?v=QKB4Jl2XWkQ
Con AutoRemote non serve più l'SMS, devi installarlo su tutte e due i telefoni affinché funzioni e ti serve la versione a pagamento. Un'altra alternativa è invece AirTask che è gratis almeno fin tanto che i telefoni hanno lo stesso account Google.