ho letto da qualche parte che il wug nexus root toolkit ha dei problemi con la 4.3, prova ad utilizzare N-Cry.3.3.6 che con la 4.3 va bene.
PS: ancora non capisco perchè c'è gente che uno spenga lo smartphone prima di andare a dormire?!? non centra assolutamente nulla con il problema ma non ha senso.
Android è sviluppato per essere sempre in esecuzione, soprattutto dalla 4.1.2 in poi va in deep sleep e ogni tanto si risveglia per fare i suoi controlli periodici, come aggiornamento app, ecc...