Quella che scarichi li é la factory img.. il boot.img (kernel) lo puoi installare come dici te ma la system.img no non é la stessa cosa all'interno c'è un file batch da lanciare e fa tutto da solo compreso un full wipe... quello che dici te non esiste per la cartella system faresti solo casini perché la stock non ha il systemlink(se non tutto stock).. se vuoi l'update ufficiale o aspetti lo zip dedicato per le custom recovery e lo installi con tutte le modifiche fatte e vedi se va(non vedo perché dovrebbe dare errore al massimo perdi root e le altre modifiche) altrimenti devi tornare stock e perdi tutto (basta fare il backup e non si perde niente).