Il modo migliore sarebbe avere uno .zip flashabile di titanium, da flashare dopo ROM e GApps.
Quando avvii la ROM, apri Titanium Backup e inizi a ripristinare le app che avevi backuppato nella ROM precedente
Volendo potresti anche creare un update.zip delle app che vuoi, e quindi flashandole come se fossero GApps (ovviamente non saranno installate come app di sistema).
Per fare quest'ultima cosa devi avere TiBackup Pro