Che sistema operativo hai sul pc?
Con windows 7 non dovresti avere problemi, invece con xp o windows 8 devi cercare qualche driver specifico.
Io, ad esempio su windows 7 vado alla grande (collego il nexus 5 come debug usb e mtp senza problemi) su xp devo togliere la spunta su debug usb, come te, e quindi lo vedo come memoria di massa ma non ci posso fare nulla con Wug's Nexus Root Toolkit o simili.....
Fai una ricerca e vedrai che c'è un sacco di gente che ha il tuo/nostro steso problema e molti che hanno creato delle soluzioni.