Io ho fatto così perché lanciando il reboot da shell mi dava il problema che nomini tu, riavviandosi da solo. Purtroppo non saprei dirti di più, non so quale sia la ragione. Se lo fai da shell ti funziona?
Per le cartelle, le ho scompattate entrambe sul desktop semplicemente. In effetti dovrebbe bastare anche solo la cartella tool.