Il file compare quando guardo la cartella, infatti l'ho messo li insieme agli altri (update.zip e alla nuova recovery), il problema persiste quando sono in recovery, nel qual caso si rifà ad una cartella che, in pratica, non esiste! xD
Posso farti un video e te lo metto su youtube se credi xD oppure scatto una 10ina di foto con la posizione di tutti i file...
Comunque ho trovato una voce /sdcard, con es gestore file, che in realtà combacia con //storage/sdcard0: quando sposto i file in una delle 2 cartelle, compaiono anche nell'altra :S
Comunque è come se avesse "l'immagine" di una cartella, tale /sdcard, salvata da qualche parte, con indirizzi a file che non sono più in memoria. In recovery si rifà sempre a questa "immagine" non andando a guardare la nuova.
EDIT: mi consigli di fare una formattazione della memoria interna direttamente da pc?