Mai sentito nulla del genere a riguardo di WhatsApp. Ho appena verificato su ArchiDroid 3.1 sperimentale (base Lollipop) ed è tutto OK, ma anche con le versioni precedente della ROM non mi pare esistesse questo problema. Nel caso fossi interessato, a pagina 316 trovi delle guide per aggiornare alla 3.1, è consigliabile tramite ArchiDroid App.
Per quanto riguarda Premium Play non ti so dire perché non lo ho mai usato. Prova a chiedere QUA.
1) Al momento ho trovato una soluzione provvisiorio che consiste nel:
a) Eliminare la cartella "SpiritF" dal percorso /system/app con un file manager root;
b) Riavviare il telefono;
c) Installare l'apk di Spirit (download)
d) Avviare la radio e concedere i permessi di root
Lo sviluppatore di Spirit sta lavorando per risolvere il problema in maniera definitiva, senza la necessità di tutto questo;
2) Non ti preoccupare di quel messaggio, Xposed funziona perfettamente e se lo hai selezionato in Aroma è già installato. Devi solo scaricare/attivare i moduli che ti interessano dall'omonima sezione dell'app;
3) Scarica e installa il modulo "Restore notification ticker on Lollipop" dalla sezione "Download" di Xposed, premi "attiva a riavvia" dal popup nel pannello delle notifiche;
4) Al momento quello è il metodo più "veloce", in attesa di Android 5.1 che reintrodurrà la modalità silenzioso, finalmente.