Sì, riflashando un firmware il cocore sparisce e il kernel ritorna quello stock di quel firmware.
Ma come ti ha già detto danny, è più semplice se fai un backup del kernel stock con l'app universal kernel flash prima di mettere il cocore.
In questo modo se il cocore non ti piace, sempre dall'app universal kernel flash rimetti il kernel stock, senza il bisogno di dover riflashare tutto il firmware.