Ho risolto, posto la soluzione se a qualcuno può far comodo:
-Per far si che le mail(nel mio caso hotmail) ,con l'app di default sul galaxy s3, si cancellino anche sul server web(nel mio caso hotmail.it), bisogna andare nelle impostazioni dell'app della mail>andare sul proprio account>impostazioni server(in fondo) posta in arrivo>elimina email dal server(in fondo).