La versione di rom che flashi non fa differenza il metodo è comune. Cambiano solo i file che vengono scritti nel telefono.
Per mantenere le app e i dati (anche se ti consiglio un backup o meglio un'installazione pulita) ti basta deselezionare l'ultima voce "Userdata".
Se guardi QUI c'è la guida sotto la voce:
Istruzioni sull'uso di SP FlashTool
cliccate sullo spoiler in basso per aprire le istruzioni passo passo
e spiega che se metti Download Only e togli UserData mantieni app e impostazioni. (però a me come ad altri perde il numero negli IMEI)
Che procedura e file hai usato per il root? Così cresce un po anche il forum! Magari apri un thread e scrivi due righe con un paio di link nella sezione [Modding]...