Si a seconda del tipo di root vengono toccati dei file di sistema. Quando il nexus 5 tenta l'aggiornamento controlla l'integrità di sistema e dato che trova delle incoerenze nei file di sistema di dà l'errore con conseguente fallimento dell'aggiornamento. Se non vuoi aver problemi con gli aggiornamenti ota ti conviene tenere tutto stock. Se non sbaglio è un argomento già trattato in un altro thread, (quello guida all'aggiornamento) se non sbaglio