L'unico motivo di clonare Whatsapp è di usarlo con una seconda sim (su telefoni dotati di dual sim) perciò attivarlo con un secondo numero di telefono.
La nuova attivazione è ovviamente ex-novo perciò non avrai chat attive e non potrai ripristinare alcun backup fatto con il Whatsapp principale.
Il whatsapp principale rimarrà intatto e avrai 2 icone di whatsapp separate e indipendenti l'una dall'altra.
La domanda che dovresti farti è: Perché voglio clonare Whatsapp?
O meglio....cerca in primis di spiegare cosa vorresti ottenere clonando Whatsapp.
Ossia qual è il tuo scopo.
Se il tuo scopo è di usare 2 Whatsapp separati con 2 numeri telefonici, opterei per usare Whatsapp e Whatsapp Business che avendo 2 nomi pacchetto diversi possono coesistere senza interferire l'uno con l'altro.