Traduco ma non posso verificare senza lo zip sotto mano: nello zip del kernel l'updater script in fase di flash cancella alcuni moduli (in /system/lib/modules) e li rimpiazza con altri moduli. Probabilmente con la rom di millo questi file non fanno conflitti, oppure dipende se hai flashato il Kernel sulla cm12.1 che ti è rimasta come primaria mentre flashando la rom di millo come seconda in questa rimangono i moduli originali della rom...
Comunque per verificare, apri lo zip del kernel e vedi se c'è all'interno una cartella "system" e cosa contiene, oppure passami il Link dello zip che sono curioso di verificare....
Edit: aggiungo una cosa... Controlla con un file manager il contenuto della cartella /system/lib/modules e poi guarda se c'è differenza con quello che contiene la stessa cartella nello zip della rom cm12.1