Per installazione pulita si intende proprio la formattazione prima di procedere all'aggiornamento...
Il mio consiglio è di farla ora.
Fai un semplice copia e incolla sul pc di tutto quello che ti interessa. (foto, musica, documenti, ecc)
Se non l'hai mai fatto, collega la tua rubrica all'account google, così puoi recuperarla in qualsiasi momento.
(se vuoi il backup di tutto questo lo puoi fare anche con kies, ma io farei come ti ho suggerito)
Poi, dopo aver salvato tutto sul pc, vai in impostazioni-backup e ripristino, e fai un ripristino a dati di fabbrica e quando te lo chiede formatta anche la memoria di massa.
Se hai una sd esterna, formatta anche quella da impostazioni - memoria.
Ora il telefono è perfettamente pulito, senza vecchi strascichi di ICS, e non dovrebbe darti più problemi...