anche io usavo la swype (fino ad un paio di settimane fa) poi stufo di fare mille pressioni prolungate per i numeri o per attivare il pad numerico ho deciso di passare alla Swiftkey (non ti sto consigliando di cambiarla). Anche a me si è presentato lo stesso problema da te segnalato e non ho mai trovato soluzione che non richieda una operazione di modding (root), ovvero l'eliminazione (o eventualmente congelazione) della tastiera stock da system\app o system\priv-app. Più che provare a rimuovere la Swype e relativi dati e reinstallarla non saprei cosa consigliarti ma credo che siano tutte prove che hai già fatto.
Se posso chiedere, come mai rimani fedele alla Swype? personalmente la usavo solo perché la predizione era ottima, ma sinceramente non mi trovo male con la swiftkey